Будучи одним из самых древнейших городов Центральной Азии-Худжанд насчитывает историю более 2500 лет. Город существовал еще при правлении династии Ахеменидов и был свидетелем вторжения полчища Александра Македонского, который если верить легенде, взял в жены дочь местного правителя-Роксану. Захватив город, Македонский укрепил его и переименовал в Александрию Эсхата (Крайняя). В VII веке город был захвачен арабами, и население приняло ислам. В начале XIII века город в течение 2 лет оказывал сопротивление нашествию войск Чингизхана, однако был разрушен. В средние века, город начал возрождаться, что было вызвано удобным расположением Худжанда на Великом Шелковом Пути.